超声波清洗机为避免清洗槽，因热胀冷缩的原因而使换能器脱落，因此不能将过热的清洗液骤然倒入清洗缸内。加热器安装在内槽后侧的2/3以下的部位，在加热时、不要用手去触摸加热板部位，小心烫伤，在液位小于2/3内槽高度时不能加热，建议不要将超声波内槽溶液、长期加温到80℃以上、那样会缩短超声波清洗机的使用寿命。把需要清洗的物体放入清洗篮内或专用夹具上，被清洗物体不与槽体接触会有更佳的清洗效果。
正确的选择清洗剂、对清洗效果很重要，要根据所需清洗物体表面的附着物，来确定清洗剂。一般有：除油剂、除锈剂、除漆剂、除碳剂、去蜡剂、及其它有机化学清洗剂。不能将含强酸、强碱的溶液注入到清洗槽内、去腐蚀清洗槽。
超声波清洗机在工作的过程中、会使液体产生一定的温度、使液体产生的液温、夏天一般稳定在55℃左右、冬天在45℃左右。若选用溶剂清洗时、若采用易燃溶剂清洗时、应该注意清洗槽内的温度变化、若液体温度太高则应关闭超声波电源、待溶剂温度下降后再清洗、确保安全，若采用易燃溶剂清洗时"不能加热"、否则可能会着火。
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